Las especies que han pasado a formar parte del caudal del río son la boga, la bermejuela, la colmilleja y el cacho. Todas ellas habitaron el río hasta mediados del siglo XX y desaparecieron de sus aguas tras las modificaciones sufridas en su hábitat.
La bermejuela es una especie protegida, figura en el Listado de Especies Silvestres en Régimen de Protección Especial, lo que indica que es necesaria su vigilancia para evitar que pase a la categoría de vulnerable. La boga, la colmilleja y el cacho son especies vulnerables y están incluidas en el Catálogo Español de Especies Amenazadas, circunstancia que implica la necesidad de adoptar medidas para evitar que pasen a estar en peligro de extinción.
Los ejemplares que se han soltado en el río fueron capturados en años anteriores en distintos puntos de Madrid a partir de dos parámetros: la cercanía genética de la especie y la estimación poblacional.
La boga y la bermejuela se recogieron en el río Lozoya; la colmilleja, en el río Guadarrama, y el cacho, en el arroyo de Canencia. Tras su captura, han vivido un periodo de adaptación previo a su suelta en los estanques habilitados en la depuradora de Viveros de la Villa.
Tras el éxito obtenido en campañas anteriores, el Ayuntamiento de Madrid ha continuado con su proyecto de conservación 'ex situ', es decir, actuaciones para la conservación de especies y poblaciones desarrolladas fuera de su ambiente natural. Con la cría en cautividad de estos peces de agua dulce, se busca consolidar la formación de reservas genéticas y la obtención de ejemplares aptos para su reintroducción al medio natural.
El primer paso de esta suelta ha sido medir, determinar el sexo y marcar cada ejemplar de los estanques situados en la Estación Regeneradora de Aguas Residuales (ERAR) de Viveros de la Villa. Después, se transportan en unos bidones azules de 60 litros con aireadores portátiles hasta la zona de suelta en los alrededores de la pasarela de Mingorrubio. Una vez allí, tras un breve tiempo de aclimatación a la temperatura del agua del río, se procede a la suelta.
Dentro de las especies introducidas, la boga es una especie de gran parecido a la carpa, aunque de menor volumen y ojos de gran tamaño. Vive en los tramos medios de los ríos, en zonas de marcada corriente, pero también prolifera en las aguas de los embalses. Es un pez muy gregario, especialmente durante la migración pre-reproductiva, que efectúa curso arriba. Se alimentan de vegetación y, en menor proporción, de pequeños invertebrados y detritos.
El cacho es un pez de complexión robusta, aunque su cuerpo no es demasiado grande. Es una especie de crecimiento rápido, propia de los tramos medios de los ríos, aunque, al mismo tiempo, puede convivir con la trucha en tramos altos de montaña. Estos dos hábitats tan distintos hacen que esta especie tenga un gran poder de adaptabilidad a los diferentes rangos de temperaturas, oxigenación del agua, velocidad de la corriente y disponibilidad de alimento.
La bermejuela, por su parte, es una especie de pequeño tamaño. Su alimentación consiste en pequeños invertebrados, como insectos y crustáceos, detritos y algo de materia vegetal. Habita ríos y lagos que no tienen conexión directa con el mar, donde tiende a mantenerse en zonas con corriente lenta y buena profundidad. Es una especie que depende mucho de la calidad del agua de su hábitat. En este sentido, la urbanización, la contaminación, la introducción de especies exóticas y la destrucción de su entorno afectan notablemente a su población.
La colmilleja es una especie endémica en toda la península ibérica, que ha desaparecido del cauce de algunos ríos como el Ebro y el Guadalquivir. Habita en las partes medias y bajas de los ríos con poca corriente, de fondos de arena y grava y vegetación acuática. Los adultos se alimentan principalmente de larvas de insectos, otros invertebrados, algas y detritos. El periodo de desovado comienza en mayo y se prolonga hasta el mes de julio. Las hembras pueden poner hasta 1.400 huevos.
La protección de las especies debe venir acompañada de la protección y restauración del hábitat. En ese objetivo se centran las actuaciones de conservación 'in situ' realizadas en el río Manzanares para recuperar así los hábitats del cauce y del bosque de ribera, mejorar la calidad del agua, mantener los caudales ecológicos y controlar y gestionar las especies exóticas invasoras. Todas estas actuaciones, según ha destacado el delegado, "deben desarrollarse a largo plazo, para garantizar el éxito y la recuperación real del espacio natural".
Las principales amenazas que sufren estas especies son la realización de infraestructuras hidráulicas, como canalizaciones y presas. También la extracción de agua y áridos para fines agrícolas, ya que destruye los lugares donde acuden a desovar los peces que se enfrentan, además, al desafío que representan las especies invasoras.
Esta es la principal amenaza a su reintroducción y desarrollo. La introducción de especies exóticas en los ríos españoles, la mayoría de ellas piscívoras, causan alteraciones del medio físico y tienen el potencial de depredar huevos, larvas, alevines y adultos de especies de peces de agua dulce autóctonos, por lo que su control y retirada debe ser una actuación mantenida a largo plazo.
Por ello, los servicios de conservación del río del Área de Urbanismo, Medio Ambiente y Movilidad han determinado los lugares y métodos más idóneos para la suelta, atendiendo a las características ecológicas de las especies, y han realizado una campaña de control de especies exóticas de peces en los puntos en los que han sido liberados.